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Das Dorf Heldburg (Ersterwähnung: 837) war Sitz einer Pfarrei (1152) und einer Zent (1340 / 47); 1374 fiel das Haus Heldburg (die spätere Veste) bei einer Erbteilung an den Landgrafen Balthasar von Thüringen und seine Ehefrau Margarete. 1405 bezeichnete der Landgraf die Einwohner von Heldburg als Bürger und befreite sie befristet von der Steuer, damit der Ort befestigt werden konnte; vor 1319 (Brückner S. 340) war Heldburg Sitz eines hennebergischen Vogtes, dessen Nachfolger später den Titel eines Amtmanns trugen.
Von den Teilungen innerhalb des wettinischen Hauses war Heldburg wie folgt betroffen: 1485 kam es an die Ernestiner; 1572 an die Söhne Johann Friedrichs des Mittleren, 1596 an den älteren von diesen, Herzog Johann Casimir. Nach dem Erlöschen dieser Linie (1638) folgten zunächst die Herzöge zu Sachsen-Weimar. 1640 wurde das Amt Heldburg aufgeteilt. Hildburghausen fiel an die Linie Altenburg (erloschen 1672), Heldburg selbst an Herzog Albrecht (Eisenach), nach dessen Tod 1645 an Herzog Ernst von Sachsen-Gotha, der 1672 auch den Hildburghäuser Teil erbte. Bei der Teilung unter dessen Söhnen entstand 1680 die Linie Sachsen-Hildburghausen, der 1826 Sachsen-Meiningen (-Hildburghausen) folgte. Die Kammer zu Hildburghausen übernahm 1748 auch das Rittergut Hellingen mit zugehörigem Vogteigericht; dessen Überlieferung ist bei dieser Gelegenheit wohl an das Amt Heldburg gelangt. Bei der Trennung von Verwaltung und Justiz und der Neueinrichtung von Unterbehörden im Jahre 1829 wurde anstelle des Amtes das Verwaltungsamt Heldburg eingerichtet, das bis 1842 bestand. Sein Amtsbezirk ging im Verwaltungsamt Hildburghausen auf.
Die Feste Heldburg diente bis 1750 als Verwaltungssitz. Der Archivbestand verblieb auch in der Folgezeit auf der Feste Heldburg und erlitt dort in der zweiten Hälfte des 19. Jahrhunderts durch Verkäufe und eigenmächtige Aneignungen erhebliche Verluste. Vermutlich stammen etliche Stücke in der Archivaliensammlung des HAV ursprünglich aus dem Amtsarchiv Heldburg. Dieses wurde 1948 in das Staatsarchiv Meiningen überführt. Die unklaren Eigentumsverhältnisse wurden 2001 durch die Gütliche Einigung mit dem Herzogshaus Sachsen-Meiningen geregelt. Seitdem ist das Amtsarchiv Eigentum des Freistaates Thüringen.